«Je suis un homme de gauche, laïc et démocrate, j'ai toujours été fidèle à ces valeurs, je suis même allé en prison pour les défendre. Quand j'entends certaines personnes de la gauche française me considérer littéralement comme un traître, qui a vendu son âme au diable, parce que je travaille avec les islamistes, je me dis que, décidément, elles ne comprennent rien à rien».

Dans une interview accordée au journal Le Point, samedi 19 mai 2012, Moncef Marzouki défend son alliance avec les islamistes aux yeux de ses détracteurs français et déclare: «Nous avons démocratisé le mouvement islamiste, nous l'avons amené à respecter les droits de l'Homme et ceux de la femme». Selon lui, l’ascension d’Ennahdha aux dernières élections permet aujourd’hui à la Tunisie d’être «sur la bonne voie, vers la culture du pluralisme».

Selon ses dires, l’entente entre les deux «camps» lui aurait même valu - ainsi qu’à Rached Ghannouchi - le prix Chatham House [NDLR : Institut londonien qui décerne chaque année une récompense, au nom de la reine d'Angleterre, à une personnalité qui a œuvré à l'amélioration des relations internationales].

Un prix qui a été décerné, selon Moncef Marzouki, «parce qu'il a été reconnu que deux hommes, malgré leurs différences idéologiques, ont pu trouver une entente politique et éviter au pays une guerre idéologique». «Au lieu d'entrer dans un affrontement entre laïcs et islamistes, Ghannouchi et moi avons choisi de travailler ensemble», précise-t-il.

Marzouki, en ce sens, affirme que si l’affrontement entre laïcs et islamistes a été évité, c’est grâce à cette entente fondée sur «des bases claires, sans dépasser certaines lignes jaunes et dans le but d'affronter notre ennemi commun, la pauvreté». « Aujourd’hui, l’ennemi juré d’Ennahdha n’est autre que les salafistes», qui sont, selon lui, «dangereux et l'on n'est pas parvenu à les démocratiser».

Et d’ajouter que les deux versions, laïque et islamiste, sont conciliables: «Personne n'est prêt à sacrifier l'un ou l'autre. Nous refusons une société d'extrémistes laïcs […], mais aussi une société salafiste […] ».

Concernant les relations entre la Tunisie et la France, Marzouki affirme que «le comportement de la France pendant et après les révolutions ne [l'a] pas satisfait », tout en regrettant le soutien de la France à la dictature ainsi que la maltraitance des jeunes Tunisiens qui sont partis après le 14 janvier.